Nhà văn Sơn Nam từng viết rằng ông rất tâm đắc với câu ca dao:
Sở dĩ có tên gọi như vậy là vì ở chùa có một bức tượng thờ một vị thần trong tư thế ngồi, có bốn tay cầm bốn linh vật, phía sau có lá đề khắc những dòng chữ Phạn (hiện bố trí ở mặt sau trong 4 mặt của bệ thờ nơi chánh điện).
Những bậc cao niên cho biết ngày xưa người dân địa phương đi đốn cây thì phát hiện bức tượng này và rước vô chùa để thờ. (Có nghĩa là có chùa rồi mới ngẫu nhiên tìm ra tượng mà rước vô).
Sách Biên Hòa sử lược của cụ Lương văn Lựu kể khác hơn và chi tiết hơn:
Sau khi chiếm thành Biên Hòa, quân binh Pháp đi lùng khai hoang các vùng phụ cận, tình cờ gặp được một pho tượng Phật bằng đá, trong gốc bông cây Dò heo lớn, gần Bửu Sơn tự.
Pho tượng (ngồi trên bục bắt khóa vào một phiến đá tròn, lớn hơn cái nia), bề ngang 1th, cao 1th50, dày 0th50, nặng 1 tấn, có 4 tay, 2 tay trên cầm hình nhật nguyệt, 2 tay dưới cầm cây linh (chuông), sau lưng có khắc chữ ngoằn ngoèo, lu mờ, không đọc được.
Quân Pháp bèn cho xe chở về, chưng trong nội thành.
Các hương lão thôn Bình Thành đến xin lãnh về để thờ tại Bửu Sơn tự, viện lẽ tượng Phật tìm được trong phạm vi chùa.
Được chấp thuận, thôn dân lập thế khiêng về với một lưc lượng gồm 50 người.
Kỳ thật, đây… không phải tượng Phật!
Căn cứ vào hình dáng tượng và minh văn tiếng Phạn phía sau tượng, các nhà nghiên cứu xác định rằng: Đây là tượng thần Vishnu của đạo Hindu. Minh văn này cho biết tượng được tạo dựng bởi hoàng tử Chămpa là Nauk Klaun Vijaya nhờ vào chiến lợi phẩm mà ông chiếm được từ người Chân Lạp. Việc dựng tượng khắc bia này nhằm tôn vinh vị thần Bảo hộ – thần Vishnu và khẳng định vương quyền của mình trên vùng đất mới chiếm được.
Không cần biết tượng thần Vishnu hay ai, đạo Hindu hay đạo Phật, người dân cứ xem đây là Phật (bốn tay), vẫn nhang khói phụng thờ và không cho ai mang ra khỏi chùa. Vì vậy, Bảo tàng Đồng Nai phải phục chế một phiên bản bức tượng để trưng bày tại Bảo tàng (đặt tại phòng Đồng Nai những thế kỷ đầu Công nguyên).
Như vậy ở Biên Hòa có bức tượng hàng ngàn năm tuổi trong ngôi chùa vài trăm tuổi, có vị thần Vishnu của Ấn độ giáo được thờ phượng như đức Phật của Phật giáo!
Linh Sơn cổ tự nằm ở chân núi Ba Thê, trong khu di tích Óc Eo.
Theo lời kể của sư trụ trì chùa và lời truyền tụng trong dân gian thì vào năm 1913, khi người Pháp cho xe ủi đất làm đường và xây bót Ba Thê dưới chân núi gần chợ, người ta phát hiện một pho tượng bằng đá đen có bốn tay, cao 1,7 mét, còn nguyên vẹn, nằm sâu dưới mặt đất khoảng 2 mét. Người Khmer quanh vùng tập họp thanh niên trai tráng khỏe mạnh khiêng tượng về núi để thờ nhưng không sao di chuyển nổi. Sau nhờ những bô lão người Kinh đứng ra lập bàn thờ khấn vái, lúc ấy pho tượng mới được khiêng đi nhẹ nhàng.
Trước đó, hai tấm bia đá bùn cũng đã được tìm thấy. Mỗi bia cao khoảng 1,8 mét, dày khoảng 20 cm, bề ngang khoảng 80 cm. Trên bia có khắc chi chít cổ tự, không ai đọc được. Đặc biệt, khi đặt tượng Phật vào giữa hai tấm bia này thì rất khít khao. Do sự linh ứng ấy, dân chúng quanh vùng góp công của xây dựng chùa Linh Sơn để thờ phụng và cũng từ đó, chùa có tên dân gian là chùa Phật Bốn Tay cho đến ngày nay.
Thông tin trên Wikipedia có khác hơn một chút:
Các nhà nghiên cứu thống nhất rằng đây không phải tượng Phật như tín ngưỡng của người dân, mà là tượng thần Vishnu có hình rắn Naga bảy đầu làm thành tán che phía sau.
Nguyên thủy, tượng có màu đen của loại đá cổ. Sau khi khai quật lên, người ta cho đắp thêm phần chân để pho tượng có dáng ngồi theo tư thế kiết già, rồi sơn phết lên khiến giá trị của nghệ thuật điêu khắc và vẻ đẹp tự nhiên của loại đá hàng ngàn năm tuổi bị mất đi.
Không gian xung quanh chùa rộng rãi, thoáng đãng với những hàng cây sao, dầu cao vút, gió núi rì rào.
